柱長度的選擇

分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下 , 為取得加倍的分辨率需有 4 倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品 , 尤其是由那些在結構、極性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。一般來說，
15m 的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析；
30m 的色譜柱是zui常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成；
50m 、 60m 或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
應該注意，柱長增加分析時間也增加。

柱內徑的選擇

柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25mm ：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。
0.32mm ：柱效稍低于 0.25mm 的色譜柱，但柱容量約高 60% 。
0.53mm ：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細管柱較為合適。

液膜厚度的選擇

液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。
0.1 ～ 0.2m ：薄液膜厚度的毛細管柱比厚液膜的毛細管柱洗脫組分快，所需柱溫度低，且高溫下柱流失較小，適用高沸點的化合物的分析。
0.25 ～ 0.5m ：常用的液膜厚度。
厚液膜：對分析低沸點的化合物較為有利。